Si atendemos a la naturaleza de la prestación, la regla general es la de la incompatibilidad, sin embargo, esta interpretación tan estricta daría lugar a situaciones desincentivadoras del trabajo, que perjudicarían la productividad, la economía e, incluso, la recuperación de la salud del trabajador. Esta es la línea seguida, por ejemplo, por la Sentencia del Tribunal Superior de Justicia de Cataluña de 16 de marzo de 2001, según la cual, tal como se establece en la Orden Ministerial de 13 de octubre de 1967, puesto que deben computarse todas las bases del trabajador pluriempleado, será preciso suprimir todas las rentas derivadas de la actividad que generaba dichas bases.

Frente a esta postura, el Tribunal Supremo ha abierto una línea interpretativa de mayor flexibilidad. Así la Sentencia del Tribunal Supremo de 19 de febrero de 2002 entendió que un trabajador afiliado al RETA como trabajador agrario por cuenta propia y al Régimen General como auxiliar administrativo podía, ante un supuesto de incapacidad temporal por una hernia de disco, disfrutar de la prestación por IT y no cesar en la actividad de auxiliar administrativo, mucho menos exigente desde el punto de vista físico. Entiende el Alto Tribunal que no tendría sentido mantener regímenes de cotización diferenciados pero simultáneos para un trabajador si después no se reconoce la compatibilidad entre las situaciones que pudieran derivarse de la doble afiliación.

Siguiendo esta doctrina jurisprudencial, algunos Tribunales Superiores de Justicia dieron un paso más, admitiendo la posibilidad de mantener una actividad laboral dentro del mismo régimen de Seguridad Social (Sentencia del Tribunal Superior de Justicia de Asturias de 31 de diciembre de 2002 o Sentencia del Tribunal Superior de Justicia de Navarra de 21 de marzo de 2003), sin embargo, algunos autores señala que dada la dificultad para la Inspección de Trabajo y Seguridad Social de comprobar hasta qué punto la situación que dio lugar a la baja médica es compatible con la otra actividad, el criterio a seguir por la Inspección debería seguir siendo el de la incompatibilidad absoluta.